ใช้ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะเป็นสารกลางในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านการอักเสบ, ยาต้านจุลชีพ, หรือยาต้านไวรัส กลุ่มไตรฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของโมเลกุลที่ได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ โดยใช้คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะ