3,6-Dichloro-2-methoxypyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรม ในด้านเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างโมเลกุลที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย ทำให้เหมาะสำหรับการพัฒนายาชนิดใหม่ๆ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและสารเคมีทางการเกษตรอื่นๆ ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมศัตรูพืชและโรคพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ