3,5-บิส(คลอโรเมทิล)ไพริดีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมยาและสารเคมีเกษตรต่าง ๆ กลุ่มคลอโรเมทิลที่ทำปฏิกิริยาได้ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไพริดีน ซึ่งจำเป็นในการสร้างยาที่กำหนดเป้าหมายภาวะทางระบบประสาทและภาวะอักเสบ นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษที่ใช้ในงานวิจัยและกระบวนการอุตสาหกรรม