3,5-Difluoro-2-nitropyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน มันมักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ไนโตรและฟลูออรีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรร นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาวัสดุใหม่ ๆ และศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาต่าง ๆ