3,4-Diiodopyridine ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร อะตอมไอโอดีนสองตัวทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีค่าต่อปฏิกิริยา cross-coupling ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยา โดยเฉพาะกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับโลหะทรานซิชัน นอกจากนี้ ยังพบการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาโรคสำหรับการค้นพบและพัฒนายา โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันช่วยให้สามารถนำไอโอดีนเข้าสู่โมเลกุลเป้าหมาย เพิ่มความตอบสนองและการทำงานของโมเลกุล