เอทิล 2-โบรโม-5-ฟลูออโรไอโซนิโคตีเนต ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้น (intermediate) ในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา เช่น การผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ การมีทั้งหมู่โบรโมและฟลูออโรบนวงแหวนไพริดีนทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการออกแบบยาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเลือกสรรที่เพิ่มขึ้น เนื่องจากโครงสร้างโมเลกุลช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับการประยุกต์ใช้ทางการแพทย์และเกษตรเคมี ความยืดหยุ่นของมันในปฏิกิริยาเคมี เช่น การจับคู่ข้าม (cross-coupling) และการแปลงหมู่ฟังก์ชัน ทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในกระบวนการวิจัยและอุตสาหกรรมที่มุ่งค้นพบยาใหม่และสารประกอบเคมี รวมถึงการศึกษาประสิทธิภาพและความปลอดภัยของสารประกอบทางเภสัชกรรม