2-Bromo-5-fluoro-3-methoxypyridine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยและพัฒนายาในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีหมู่โบรมีนและฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างยารักษาที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในสาขามะเร็งวิทยาและระบบประสาทวิทยา มักถูกใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น การจับคู่แบบ Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig เพื่อสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่หลากหลาย นอกจากนี้ หมู่เมทอกซี่ของมันช่วยเพิ่มปฏิกิริยาในปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ทำให้สามารถพัฒนายารักษาแบบกำหนดเป้าหมายได้ ความหลากหลายของสารประกอบนี้ยังขยายไปถึงการประยุกต์ใช้ในด้านเกษตรเคมี ที่ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ