2-คลอโร-5-ไซโคลโพรพิลไพรีดิน ใช้หลักๆ เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีวงไซโคลโพรพิลและหมู่คลอโรที่ตำแหน่งเฉพาะ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการสร้างสารกำจัดวัชพืช สารกำจัดเชื้อรา และสารกำจัดแมลง นอกจากนี้ยังใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาโรคสำหรับออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ช่วยในการค้นพบและพัฒนายา ความยืดหยุ่นในการทำปฏิกิริยาเคมีช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของผลิตภัณฑ์สุดท้าย