Ethyl 2-amino-5-fluoronicotinate ใช้เป็นสารตัวกลางหลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคเฉพาะ โครงสร้างของสารนี้ซึ่งมีทั้งกลุ่มอะมิโนและฟลูออโร ทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าต่อเคมียารักษาโรค โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์ยาสุดท้าย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อออกแบบและทดสอบสารประกอบบำบัดใหม่ๆ ซึ่งช่วยในการค้นพบการรักษาแบบนวัตกรรม