เอทิล 2-ฟลูออโรไอโซนิโคติเนต ใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารชีวภาพออกฤทธิ์ต่าง ๆ โครงสร้างที่มีอะตอมฟลูออรีนและกลุ่มเอสเทอร์ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและความจำเพาะสูงขึ้น ในเคมียารักษาโรค ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะเจาะจง ซึ่งมักนำไปสู่การพัฒนายาใหม่ ๆ โดยเฉพาะในกลุ่มยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ การนำไปใช้ในสูตรเกษตรเคมีช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพมากขึ้นและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม ความยืดหยุ่นของสารนี้ยังขยายไปสู่การสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งใช้ในการเตรียมสารประกอบเฮเทโรไซคลิกซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม