เอทิล 2-อะเซทิลไอโซนิโคตีเนตใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการผลิตสารประกอบเภสัชกรรมต่าง ๆ โครงสร้างของมัน ซึ่งมีทั้งกลุ่มอะเซทิลและกลุ่มเอสเตอร์ ทำให้มีความยืดหยุ่นในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น ความตอบสนองของมันยังช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาและวิทยาศาสตร์วัสดุ