2-Chloro-3-iodo-6-methoxypyridine เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญและหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของสารนี้ช่วยให้สามารถปรับแต่งฟังก์ชันเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อน สารนี้มักถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาครอสคัพลิง เช่น Suzuki หรือ Sonogashira couplings เพื่อนำหมู่ที่ตั้งต้นจากไพรีดีนเข้าไปในสารเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังเป็นชิ้นส่วนก่อสร้างในการสังเคราะห์สารที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ หมู่ฮาโลเจนและเมทอกซีช่วยเพิ่มความไวต่อปฏิกิริยา ทำให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างแม่นยำสำหรับการประยุกต์ใช้เฉพาะในเคมียารักษาและวิทยาศาสตร์วัสดุ