2,6-Dichloro-5-methoxynicotinonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในศัตรูพืชและพยาธิ ทำให้การป้องกันพืชดีขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) สำหรับยา โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับการรักษาการติดเชื้อจุลินทรีย์หรือโรคอื่นๆ ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาเคมีช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรในแอปพลิเคชันต่างๆ