ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกสรรกับจุดออกฤทธิ์ของเอนไซม์ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาสำหรับมะเร็งและโรคอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีเพื่อเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของยาฆ่าแมลงบางชนิด อะตอมฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับกับสารประกอบสุดท้าย ซึ่งมีประโยชน์ในการปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์