ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) เนื่องจากความสามารถในการสร้างพันธะอะไมด์และอะมีนที่เสถียร โครงสร้างแกนเมทอกซี่พิริดีนช่วยเพิ่มความจำเพาะในการจับกับตัวรับยา ทำให้มีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการออกแบบการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพยาและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม