ใช้ในอุตสาหกรรมยาเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านภาวะซึมเศร้าหรือยาปรับสมดุลทางจิตใจ เนื่องจากโครงสร้างที่มีหมู่เมธอกซีไพริดีนสามารถช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มสมองและมีปฏิสัมพันธ์กับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยพัฒนายาใหม่ที่มีเป้าหมายไปที่ช่องไอออนหรือเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบและโรคประสาทเสื่อม