ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้การซึมผ่านและประสิทธิภาพดีขึ้นในตัวแทนป้องกันพืช นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมในการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่การแทนที่ด้วยฟลูออรีนมีความสำคัญต่อกิจกรรม ใช้บ่อยในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ที่เกี่ยวข้องกับสารประกอบเบสไพรีดิน