ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเพศได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมีการแพทย์สำหรับการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีฟลูออรีน ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับกับยาในผู้สมัครยา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและมีโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงและการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกเพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนในทั้งการศึกษาและอุตสาหกรรม