ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความจำเพาะต่อเป้าหมายในตัวยาป้องกันพืช นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ที่ต้องการอนุพันธ์ไพรีดินฟลูออรีนเพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ใช้บ่อยในงานวิจัยสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงหรือการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก