ใช้เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรม โดยเฉพาะยับยั้งคินาสและยาต้านไวรัส โครงสร้างพิไรดีนที่มีหมู่คาร์บอกซิลิกแอซิดที่ตำแหน่ง 2 และหมู่ 2,2-ดิฟลูออโรเอทอกซีที่ตำแหน่ง 3 ช่วยให้เกิดการจับคู่ที่มีประสิทธิภาพในโมเลกุลชีวภาพ เพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความเลือกสรรต่อเป้าหมาย หมู่คาร์บอกซิลิกแอซิดช่วยในการเกิดปฏิกิริยาต่อเนื่อง เช่น การสร้างแอมไพด์หรือเอสเทอร์ ขณะที่หมู่ดิฟลูออโรเอทอกซีช่วยเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ใช้บ่อยในเคมียาในการสร้างยาที่มีฐานพิไรดีน นอกจากนี้ยังใช้ในเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่เนื่องจากคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric ที่ดี