ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับ ทำให้มีคุณค่าในการปรับปรุงยาตัวสมัครที่เหมาะสม ใช้บ่อยในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากความสามารถในการปรับ lipophilicity และ bioavailability นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดี