ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรตอนปั๊ม (PPIs) สำหรับรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับกรดในกระเพาะอาหาร หมู่คลอโรเมทิลที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับชิ้นส่วนโมเลกุลอื่นๆ ได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลยาที่ซับซ้อน นิยมใช้ในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญที่ขึ้นอยู่กับไพรีดีน (APIs) เนื่องจากความเสถียรและโปรไฟล์การทำปฏิกิริยาในกระบวนการแปลงสารอินทรีย์