ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความสามารถในการจับกับเอนไซม์เป้าหมายในวัชพืช ทำให้มีประสิทธิภาพสูงขึ้นที่อัตราการใช้ต่ำกว่า นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาเภสัชกรรมที่การแทนที่ด้วยฟลูออรีนมีความสำคัญต่อความเสถียรทางเมแทบอลิซึม โดยเฉพาะในกลุ่มสารที่มีโครงสร้างกรดพิโคลินิก ซึ่งมีฤทธิ์ควบคุมวัชพืชใบกว้างในพืชไร่และพืชสวน ใช้บ่อยในปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงเพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนในการวิจัยและพัฒนาเคมีเกษตร รวมถึงพัฒนาสารออกฤทธิ์ใหม่ที่มีความจำเพาะ ปลอดภัยต่อพืชเศรษฐกิจ ทนต่อการชะล้าง และย่อยสลายได้ง่ายในสิ่งแวดล้อม