ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยับ kinase สำหรับการรักษามะเร็ง เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาเนื่องจากมีกลุ่มอัลไคน์และอะมีนที่ทำปฏิกิริยาได้ ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ เช่น click chemistry ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น โครงสร้างแกนคลอโรไพรีดีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ