ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โครงสร้างไพรีดีนที่มีฮาโลเจนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงแบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับสารป้องกันพืชและสารยารักษาโรค มักใช้ในปฏิกิริยา Suzuki และ Buchwald–Hartwig เพื่อนำหมู่ไพรีดีนที่ถูกฟังก์ชันไนซ์เข้ามา นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งคินาสและสารชีวภาพอื่นๆ ที่ซึ่งอะโรมาติกที่ถูกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับคู่