ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยับ kinase inhibitors และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างที่มีหมู่อะมิโนและไอโอดีนช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเพศได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียาเพื่อสร้างยาที่กำหนดเป้าหมาย ใช้บ่อยในงานวิจัยเพื่อออกแบบสารประกอบที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง ต้านไวรัส หรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบที่ติดฉลากสำหรับการศึกษาเมแทบอลิซึม เนื่องจากไอโอดีนช่วยในการตรวจจับและถ่ายภาพ หมู่อะตอมไอโอดีนยังช่วยให้สามารถใช้ในปฏิกิริยาคอปเปอร์-คาทาไลซ์หรือพาลลาเดียม-คาทาไลซ์เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-ฮีเทอโรอะตอมได้อย่างมีประสิทธิภาพ