ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีนเพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมในร่างกาย โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงได้อย่างเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาในการสร้างตัวยับยั้งคินาสและสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชยาใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น อะตอมฟลูออรีนช่วยอำนวยการโต้ตอบการจับที่แข็งแกร่งในโปรตีนเป้าหมาย เพิ่มความแรงในส่วนผสมออกฤทธิ์สุดท้าย