6-Chloro-4-methoxynicotinaldehyde ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มันมีบทบาทในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านการอักเสบ ยาต้านไวรัส หรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มอัลดีไฮด์และคลอโรที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งช่วยอำนวยในการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม กลุ่มเมทอกซี่ของมันยังช่วยเพิ่มประโยชน์ในการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้างหลากหลายสำหรับการค้นคว้าและพัฒนายา