Ethyl 6-chloro-3-nitropicolinate ใช้เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติกำจัดวัชพืชและเชื้อรา ในงานวิจัยเคมีเกษตร มักใช้ในการพัฒนายาเกษตรใหม่ที่เล็งเป้าไปที่ศัตรูพืชหรือโรคเฉพาะ เพื่อเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต้านจุลินทรีย์หรือต้านการอักเสบ ความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังทำให้มีประโยชน์ในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการศึกษาทางเคมีเพิ่มเติมและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม