6-(Difluoromethoxy)nicotinic acid ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านการอักเสบหรือยาต้านไวรัส กลุ่ม difluoromethoxy ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ของโมเลกุลที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยา นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำมาใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่เนื่องจากคุณสมบัติทางโครงสร้าง