5-Hydrazinyl-2-methoxypyridine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น สารต้านมะเร็งหรือสารต้านจุลชีพ เนื่องจากมีกลุ่มไฮดราซีนที่สามารถทำปฏิกิริยาได้ดีกับสารอื่น ๆ นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ ๆ หรือศึกษากลไกการออกฤทธิ์ของสารเคมีในร่างกาย