4-Methoxy-2-(trifluoromethyl)pyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งสามารถนำไปใช้ในการผลิตยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เนื่องจากโครงสร้างที่มีหมู่เมทอกซีและไตรฟลูออโรเมทิลช่วยให้เกิดปฏิกิริยาทางเคมีที่หลากหลายและมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังอาจใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเพื่อพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชหรือสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชอีกด้วย