3,5,6-ไตรฟลูออโร-2-ไฮดรอกซีไพริดีน ใช้หลักในการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งมีทั้งกลุ่มไฮดรอกซิลและฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมที่ดีขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและการบำบัดมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชพืชใหม่ๆ โดยอาศัยความสามารถในการโต้ตอบกับระบบชีวภาพอย่างมีประสิทธิภาพ บทบาทในวิทยาศาสตร์วัสดุก็เด่นชัดเช่นกัน โดยมีส่วนช่วยในการพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความต้านทานต่อการย่อยสลายและประสิทธิภาพที่ดีขึ้นในสภาวะที่รุนแรง