2-Bromo-6-chloronicotinonitrile นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม ในด้านเภสัชกรรม สารนี้ใช้เป็นสารกลางในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพได้หลากหลาย นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารกำจัดศัตรูพืชและสารป้องกันเชื้อราในภาคเกษตรกรรม ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมโรคพืชและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร