2-Chloro-5-hydrazinylpyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารประกอบทางเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตรกรรม มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มไฮดราซินและไพริดีน ซึ่งสามารถเกิดปฏิกิริยาเคมีได้หลากหลาย ตัวอย่างเช่น ใช้ในการสังเคราะห์ยาต้านมะเร็ง ยาต้านเชื้อแบคทีเรีย และยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชอีกด้วย