2-Chloro-5-fluoronicotinaldehyde เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร เนื่องจากมีกลุ่มอัลดีไฮด์ที่ทำปฏิกิริยาได้และสารย่อยฮาโลเจน ซึ่งทำให้เป็นสารตั้งต้นที่หลากหลาย มักใช้ในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำหน้าที่เพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการค้นพบยา นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นักวิจัยยังใช้ประโยชน์จากมันในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาโรค