2-(Chloromethyl)-4-methoxypyridine hydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารประกอบเป้าหมาย