(5-Chloropyridin-2-yl)methanamine hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนาภายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและจิตเวช ซึ่งโครงสร้างของมันช่วยในการพัฒนาโมเลกุลที่มีผลทางบำบัดศักยภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ช่วยในการจัดทำยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่ปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรคภัย บทบาทในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุและวิศวกรรมเคมี