สารเคมีนี้ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัช เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มฟลูออรีนและเมทอกซี ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา โดยเฉพาะในสาขาประสาทวิทยาและมะเร็ง มักใช้ในการสร้างตัวยับยั้งโมเลกุลขนาดเล็กที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ช่วยในการศึกษากลไกโรคและการค้นพบยา นอกจากนี้ แกนไพรีดินยังช่วยในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น เช่น การเพิ่ม bioavailability และความเสถียรทางเมแทบอลิซึม