2,6-Dimethoxyisonicotinic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังภาวะทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในเคมีเกษตร ซึ่งนำไปใช้ในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น ความเสถียรและปฏิกิริยาของสารประกอบนี้ยังทำให้เหมาะสมสำหรับการวิจัยในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการพัฒนาโพลิเมอร์และสารเคลือบขั้นสูง