Methyl 2,5-difluoronicotinate ใช้หลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่มีอะตอมฟลูออรีนและส่วน nicotinate ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเพิ่มขึ้น ในเคมียารักษาโรค ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลางหรือโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ แหวนอะโรมาติกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ในยาที่เป็นผู้สมัคร ในงานวิจัยสารเคมีเกษตร ใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือยาฆ่าหญ้าตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพและ selectivity สูง ความหลากหลายของสารนี้ในปฏิกิริยาเคมี เช่น cross-coupling หรือ nucleophilic substitution ขยายการใช้งานในงานวิจัยอุตสาหกรรมและวิชาการ