(4-Fluoropyridin-2-yl)methanamine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของสารประกอบนี้มีทั้งส่วนฟลูออโรและไพริดีน ซึ่งสามารถมีปฏิสัมพันธ์กับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางประสาทหรือสารต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนายาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยารักษาโรคทางจิตเวชหรือโรคเกี่ยวกับความผิดปกติของระบบประสาท