3,5-Dichloroisonicotinaldehyde ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยาและเกษตรกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนาเพื่อสร้างสารประกอบใหม่ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านมะเร็งและสารต้านการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีคลอรีนสองอะตอมทำให้มีความสามารถในการทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย จึงเป็นที่สนใจในวงการเคมีอินทรีย์และเคมีเภสัชกรรม