3-Bromo-6-fluoropyridazine ใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางเภสัชศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการปรับเปลี่ยนหน้าที่เพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายารักษาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในด้านมะเร็งวิทยาและระบบประสาท นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเกษตรเคมีเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยอาศัยปฏิกิริยาของมันในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังศัตรูพืชหรือวัชพืชเฉพาะเจาะจง การประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุรวมถึงการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบผิว ซึ่งคุณสมบัติเฉพาะตัวของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความทนทาน