ใช้ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรค ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่อาจแสดงกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น การยับยั้งเอนไซม์หรือการปรับเปลี่ยนตัวรับ โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในการค้นคว้ายาและเคมีภัณฑ์ยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงหรือวัชตัวใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น