5-Aminophthalazine ใช้หลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อสร้างโปรบเรืองแสง ซึ่งช่วยในการถ่ายภาพทางชีวภาพและการวินิจฉัย โครงสร้างอนุพันธ์ของมันยังถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติต้านการอักเสบและต้านจุลินทรีย์ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาการรักษาใหม่สำหรับการติดเชื้อและภาวะอักเสบ