6-methoxypyridazin-3-amine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ สารนี้มักถูกศึกษาว่ามีบทบาทในการเป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านการอักเสบ ยาต้านเชื้อแบคทีเรีย หรือยาที่มีผลต่อระบบประสาท นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในการศึกษาทางเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น