เอทิล 3-อะมิโน-6-คลอโรไพริดาซีน-4-คาร์บอกซิเลต เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่คลอโรและอะมิโนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาต่างๆ ได้ง่าย นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา