3-Methoxypyridazin-4-amine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในการวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาท เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังถูกสำรวจในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความสามารถในการเกิดปฏิกิริยาที่หลากหลายยังทำให้มันเหมาะสำหรับการใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่มีการประยุกต์ใช้ทางรักษาศักยภาพ