ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใคร ซึ่งมีทั้งกลุ่มคลอโรและไตรฟลูออโรเอทอกซี่ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารป้องกันเชื้อรา โดยช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะเจาะจง นอกจากนี้ ยังใช้ในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบยารักษา โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคติดเชื้อ เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมทางชีวภาพ กลุ่มไตรฟลูออโรเอทอกซี่โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้